Fakultas Ilmu Agama Islam (FIAI) Universitas Islam Indragiri (UNISI) Tembilahan didirikan pada tahun 2009 sebagai wujud komitmen UNISI dalam menghadirkan pendidikan tinggi Islam yang relevan dengan kebutuhan masyarakat pesisir Riau. Pada tahun 2010, FIAI mulai melaksanakan penerimaan mahasiswa baru untuk pertama kalinya dengan membuka tiga program studi.
Pada periode awal pengembangannya, dua program studi memperoleh izin resmi pembukaan dari Kementerian Agama Republik Indonesia, yaitu Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI) dan Program Studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IAT) berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor Dj.I/54/2011. Selanjutnya, pada tahun 2011, FIAI kembali memperluas cakupan keilmuan dengan membuka Program Studi Ekonomi Syariah yang memperoleh legalitas melalui Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor Dj.I/1874/2011. Kehadiran ketiga program studi tersebut menjadi fondasi penting dalam pengembangan keilmuan Islam di wilayah Kabupaten Indragiri Hilir.
Seiring dengan perkembangan akademik dan meningkatnya kebutuhan masyarakat terhadap pendidikan tinggi Islam pada jenjang lanjutan, pada tahun 2024 Fakultas Ilmu Agama Islam kembali mencatat tonggak sejarah penting dengan dibukanya Program Magister Studi Islam. Kehadiran program ini semakin memperkuat posisi FIAI UNISI sebagai pusat kajian dan pengembangan keilmuan Islam di kawasan pesisir.
Dalam menjalankan perannya, Fakultas Ilmu Agama Islam menetapkan visi sebagai berikut:
“Menyelenggarakan pendidikan dan kajian ilmu agama Islam yang unggul, berlandaskan nilai-nilai keislaman serta berorientasi pada pemberdayaan masyarakat pesisir di Riau pada tahun 2035.”
Visi tersebut menjadi arah strategis dalam pengembangan Tri Dharma Perguruan Tinggi yang adaptif dan inklusif, meliputi pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat yang responsif terhadap dinamika sosial, budaya, dan keagamaan. Seluruh implementasi Tri Dharma diarahkan untuk berpihak pada penguatan dan pemberdayaan masyarakat pesisir sebagai karakter khas wilayah Indragiri Hilir, sehingga FIAI UNISI mampu berperan aktif dalam membangun tradisi keilmuan Islam yang kontekstual, berkelanjutan, dan berdampak nyata bagi kemajuan umat.
Sebagai penguat identitas kelembagaan, FIAI UNISI mengusung tagline:
“Ilmu yang mencerahkan, karya yang menginspirasi, dan abdi untuk umat.”
Tagline ini merefleksikan komitmen Fakultas Ilmu Agama Islam dalam membentuk lulusan yang tidak hanya unggul secara akademik dan memiliki penguasaan keilmuan yang kuat, tetapi juga mampu membawa pencerahan melalui pemikiran dan sikap keislaman yang moderat. Lulusan FIAI diharapkan dapat menghadirkan karya dan kontribusi nyata yang bermanfaat bagi pengembangan ilmu pengetahuan, penguatan lembaga keagamaan dan pendidikan Islam, serta pengabdian yang berkelanjutan bagi kemajuan umat dan masyarakat, khususnya di wilayah pesisir.